Sul lato sinistro dello Scalone d'onore si accede, attraverso un vecchio portone in legno, alle cantine che si sviluppano sotto l'intero perimetro del corpo centrale del palazzo. Le cinquecentesche cantine di Palazzo Salis sono state restaurate nella loro struttura originale. Come all'epoca, sono oggi funzionanti: la tinera (tinaia di fermentazione), le cantine padronali per l'invecchiamento, gli "involt" e la "corte dei carri". Curiosa (visitabile per gruppi di massimo 20 persone) la vecchia ghiacchiaia.

Giá nel 1665 infatti, come attestano documenti dell'epoca, il Conte Giovanni Salis di Zizers, podestá grigione e governatore della Valtellina, riforniva con i suoi pregiati vini la corte di Leopoldo I d'Asburbo, il vescovato di Coira e le nobili famiglie grigionesi e della valle dell'Adda. Le cantine si collegano ad un'ampia struttura a rustico, adiacente al palazzo, dove ha sede la casa vinicola.